飲水機長期接觸水源與空氣，容易累積水垢與細菌，因此必須定期清潔。一般建議每 1–3 個月清洗一次，先拔掉電源，將水箱內的殘水排放，再用溫水加上中性清潔劑擦拭內膽與水龍頭。若是熱水功能的飲水機，也需定期除垢，以免加熱效率下降。清潔後必須用大量清水沖洗，確保沒有清潔劑殘留。養成定期保養習慣，才能確保飲水機供水乾淨。